El proceso de recogida y depuración de las aguas residuales está dividido en sistemas independientes con infraestructuras de colectores y depuradoras ubicadas en las diferentes cuencas hidrográficas de Bizkaia.
En total hay 51 conducciones principales, 42 estaciones de bombeo, 84 aliviaderos y 27 estaciones de depuración de aguas residuales que tratan al año más de 130 millones de m³.
De todos los sistemas, el más destacado es el Plan Integral de Saneamiento del Bilbao Metropolitano puesto en marcha por el Consorcio de Aguas en 1979 con una inversión de más de 900 millones de euros.
Antes de ponerse en marcha, Bizkaia sufría la degradación medioambiental de sus ríos y Ría. Actualmente la situación es bien diferente. Se han remodelado los dispositivos de recogida de las aguas residuales domésticas e industriales. El moderno pozo de Urbi, que canaliza hasta la depuradora las aguas residuales de Basauri y Galdakao; el Sifón de la Universidad de Deusto, que permite el trasvase de las aguas sucias de una a otra orilla de la Ría en su camino hacia la depuradora, labor que también realiza el bombeo de Lamiako, en Leioa, donde, además, se ha construido un tanque de tormenta, o la proyectada construcción de una nueva depuradora en la Vega de Lamiako, son un claro ejemplo.
Estas modernas infraestructuras son el complemento de los más de 300 kilómetros de colectores e interceptores construidos y los 100 kilómetros de alcantarillado remodelado. Finalmente, varios tanques de tormentas evitan que el agua pluvial se mezcle con las aguas residuales.